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安顿好吾彦父子后，司马遹随即对交州的人事做了一次调整，将原来的交趾太守阮氏南任命为交州长史，此人是个典型的儒生，又是本地人，将他留任可以保证平稳过渡。
司马乂则被任命为南中都督，统领交州军事。在此之前，吾彦一人身兼南中都督、交州刺史，司马遹自领交州刺史后，司马乂担任南中都督便是应有之义。
据吾彦所言，交州虽有七郡，但属于朝廷直接管辖的只有北部的合浦、新兴、武平和交趾四郡，南边的九真、九德和日南三郡都是当地的越族自治，太守都是越族首领，平日里只要他们不作乱，并按时象征性的上供，交州不会干涉他们的日常事务。
既如此，司马遹也不打算干涉南部三郡的人事，只是派人向他们通报自己的到来，然后以刘琨为新兴太守，荀奕为武平太守，原来的太守全被降为长史，至于合浦郡，因为距离比较遥远，司马遹暂时也不打算干涉，继续由原来的官员管理。
交州原有的常备兵力不多，交趾有五千人，合浦、新兴和武平各有一千人，全都是步兵，再加上司马遹从荆州带来的一万人，司马遹的总兵力共有一万八千人。
在司马遹带来的一万人中，本有七千骑兵和三千步兵。但由于长途跋涉，加之连年征战，一些马匹已不适合作为战马 ，司马遹便将其中两千骑兵改为步兵，裁撤下来的马匹便当做日常乘坐所用。刘琨和荀奕上任时，各自带走了一千骑兵和一千步兵。
如此一来，交趾郡共有三千骑兵和八千步兵，骑兵由司马乂亲自统领，司马乂将其分为三队，上官巳、孟安和田冲各领一千，步兵全部交由吾咨统一训练，郭默兼任他的司马。
刘琨抵达新兴郡的麋泠后，以令狐盛为司马，统领麾下的一千骑兵和两千步兵；荀奕抵达武平郡的武定后，以岳刚为司马，统领麾下的一千骑兵和两千步兵。
麋泠和武定虽然分属两郡，实际上相距只有二十里，距离龙编也只有八十里，互相之间形成完美的支撑，有什么事情当天就可以往返，十分便捷。
至于跟随司马遹一起南迁的一万百姓，司马遹将他们全都安置在交趾郡。因为四郡中以交趾的土地最为肥沃，超过一半都是平原。恰逢晚稻种植季节，为了保证今冬的粮食不至于出现短缺，司马遹亲自参与播种，不让一块田出现荒废的情况。
交州北部四郡共有人口三十万，其中交趾就有超过十万，其他三郡加起来不到二十万。当然，这所谓的三十万人，只包括汉人，散居山地的越族
