在皇帝授意下，经一班文臣的遮掩粉饰，正统的官方历史对这场政变如是叙述：洪武三十五年六月(请注意年代的表述方式)，靖难的军队打到了南京金川门外，“建文君欲出迎，左右悉散，唯内侍数人而已，乃叹曰：‘我何面目相见耶！’遂阖宫自焚。”称“建文君”而不称“建文帝”，暗示他不是合法的皇位继承人，又说他因无脸见人，惭愧而自杀，御用史家的春秋笔法昭然若揭。在他们的笔下，“今上”的姿态则要高得多。他摒弃前嫌，即命太监前往援救，施救不及，太监只好把“建文君”尸体从火中找出来，报告燕王，燕王哭着说：“果然如此痴呆？我来是为了帮助你做好皇帝，你竟浑然不觉，走上了绝路！”

这假惺惺的眼泪能骗世人一时，血的事实却任谁也掩饰不了。对以武力夺取帝位的朱棣而言，当务之急是继续用“枪杆子”来巩固其政权，铁血的政权也只有用铁血来捍卫。城破后，建文帝的几个弟弟无一幸免。小儿子圭甫，当时只有两岁，朱棣派人把他幽禁到安徽凤阳老家，直到三世以后明英宗时，这个废皇子才重新得见天日。那时他已五十有七，智力水平却像个孩子一样，连大街上的牛马都分不清楚。此是后话不提。

随即而来的是一场清除“建文奸党”的大规模血腥屠杀，朱棣要通过这种恐怖恫吓来堵住异见者的嘴。燕军一入南京城，就“大索齐泰、黄子澄、方孝孺等五十余人，榜其姓名曰奸臣”，对他们展开了毫不手软的屠杀。这些人多遭灭族抄家，株连甚广，人称“瓜蔓抄”。

南京陷落时，齐泰正出外募兵。为了不被认出，他就把骑着的白马用墨涂黑。马跑得大汗淋漓，涂上去的墨汁被汗冲掉，露出白色。有人认出了他的马，大声呼叫：“这是齐尚书的马！”于是被燕兵逮住，押往京城处斩，他的从兄弟敬宗等皆坐死，叔时永、阳彦等谪戍，才六岁的儿子免死为奴。黄子澄还想图谋起事，被人告发抓住后，朱棣亲自审问，不屈，被磔死。族人无论年少年长全都问斩，姻亲全都发配戍边。

而最为酷烈的，莫过于方孝孺的“夷十族”。朱棣兵发北平时，姚广孝特地以方孝孺为托。他对朱棣说，南京城破之日，方孝孺一定不肯降服，不管如何千万别杀他，“杀孝孺，天下读书种子绝矣”。朱棣答应了他。

起草新皇登基的诏书对一个文臣来说可是至高的荣誉，朱棣认为，方孝孺设有理由，也不应该拒绝这样的美差。朱棣派了方孝孺的两个学生廖镛、廖铭去狱中劝说，结果惹得方孝孺破口大骂：“亏你们跟我学了这么多年，连最基本的道义和是非都不懂吗？”

方孝孺被召上殿来时，大放悲声，哭声响彻朝堂。朱棣不以为忤，为示礼贤下士，下榻亲自来迎接。以下这段朝堂上的辩论，向来被视作“方孝孺式硬气”的生动呈现。

成祖降榻，曰：“先生毋自苦，予欲法周公辅成王耳。”

孝孺曰：“成王安在？”

成祖曰：“彼自焚死。”

孝孺曰：“何不立成王之子？”

成祖曰：“国赖长君。”

孝孺曰：“何不立成王之弟？”

成祖曰：“此朕家事。”顾左右授笔札，曰：“诏天下，非先生草不可。”

孝孺投笔于地，且哭且骂曰：“死即死耳，诏不可草。”

文皇大声曰：“汝安能遽死。即死，独不顾九族乎？”

孝孺曰：“便十族奈我何！”声愈厉。

从这段对话中我们可以看出，方孝孺自始便抱定必死之心。他的每一句回答都将朱棣逼向逻辑死角，同时也意味着不给自己留任何后路。按照我国古代制度，谋反是诛灭九族的罪名。这九族包括：父族四，即自己一族，出嫁的姑母及其儿子一家、出嫁的姐妹及外甥一家、出嫁的女儿及外孙一家。母族三，即外祖父一家、外祖母的娘家、姨母及其儿子一家。妻族二，即岳父的一家、岳母的娘家。

灭十族则为朱棣的独创发明，这里包括方孝孺的学生和朋友。朱棣下令将方孝孺投入大牢，并大肆抓捕其亲族朋友门生。每抓一人，都带来让他看一看。方孝孺看到他们非常难过。弟弟方孝友被杀前反劝道：“阿哥何必泪潸潸，华表柱头千载后，梦魂依旧到家山。”

十族全诛后，磔方孝孺于市。孝孺视死如归，就戮前作绝命词曰：“天降乱离兮孰知其由，奸臣得计兮谋国用犹，忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求。呜呼哀哉兮庶不我尤。”

其门人廖镛、廖铭捡其遗骸，把他安葬在聚宝门外的山上。方孝孺的兄长方孝闻，先他而死，弟方孝友与他一同就戮，妻子郑氏，两个儿子中宪、中愈自刎死，两个女儿皆未成年，投秦淮河死。一门坐死者八百七十三人。

不少现代中国人或许会以一种居高临下的“进步心态”嘲讽方孝孺这样的人过于“愚忠”“迂腐”，但是这丝毫无损于这些忠良们的历史地位。每个时代都有其视为神圣的价值标准，如果拿我们今天的价值观去衡量过去的时代，那么看到的自然是不可理解的愚昧。而在那样一个年代，以武力推翻一位合法君主在人民心中的罪过，一点儿也不比今日发动军事政变推翻民选政府的罪过来得轻。

兵部尚书铁铉被捕后，宁死不屈，背对着朱棣不肯趋附。朱棣命人割去他的耳朵，煮熟后塞到嘴里逼着他自己吃，还问他“甘否”。铁铉说：“忠臣孝子之肉有何不甘！”朱棣下令将他凌迟处死，并将其尸骨丢进油锅炸成焦炭。

户部侍郎卓敬不屈，临刑时神色自若，灭三族；礼部尚书陈迪不屈，朱棣派人把他儿子捉来杀掉，并割其鼻，强塞给陈迪吃，陈迪唾向刽子手，骂得更凶，被凌迟处死，宗族被戍者一百八十余人；刑部尚书暴昭不屈，“先去其齿，次断手足，骂声犹不绝，至断颈乃死”；左佥都御史史景清，因刺杀朱棣不成，被“抉其齿，且抉且骂”，含血喷了朱棣一身，朱棣下令“剥其皮、草椟之”，“碎磔其骨肉”；右副都御史练子宁，被逮后语不逊，“命断其舌，磔死，宗族弃市者一百五十一人，九族至亲被抄没戍远方者数百人”。

建文帝朱允炆封为太子的大儿子虽然没有被处死，但被禁锢在一个没有门窗的房子里，每日只在一个碗口大的洞里递进去食品和水。五十多年后，此人被释放出来，已经成为一个全然不知鸡鸭猪狗为何物的废人。

后来的修史者故意为朱棣开脱，掩饰其残暴，并没有将屠戮方孝孺十族的事情写入十七世纪的官方史书《明史》。甚至在官方文件中，方孝孺被描绘成一个贪生怕死之徒。《太宗实录》卷九，“四年六月乙丑”条下载：“时有执方孝孺来献者，上指宫中烟焰，谓孝孺曰，此皆尔辈所为，汝罪何逃！孝孺叩头祈哀，上顾左右曰，勿令遽死，遂收之。”“丁丑”条下又载：“执奸臣齐泰、黄子澄、方孝孺等至阙下，上数其罪，成伏辜，遂戮于市。”

《太宗实录》修于仁宗朝，当时朝廷修三朝实录，对史事多有涂饰。负责这一编书工程的是史称“三杨”之一的杨士奇。史料并没有留下因受“建文奸党”株连而被处死、监押、流放和遭受其他迫害的无辜士大夫和老百姓的具体数字，但最保守的估计，此次清洗也在万人以上。

用历史学家的话说，与懦弱的朱标、朱允炆父子截然相反，朱元璋的四子燕王朱棣是一个孔武有谋、残忍暴戾的人，大有乃父之风。南京城破四天以后，燕王朱棣龙袍加身，年号“永乐”，是为大明王朝历史上声名显赫的明成祖。我们在阅读这位皇帝亲自下达的圣旨时，如果不知道这是出自皇帝的手笔，定会怀疑那狠毒与奸恶的安排，应该来自最坏的恶棍、流氓的肚肠。

历时三年多的战争最终以朱棣的胜利而告终。以正常的政治和军事常识来分析，这个结局是极其出乎意料的。朱棣起兵之时仅踞北平一府，也未得到其他大多数藩王的明确支持，朝廷控制的地盘数十倍于他，朝廷拥有至少三倍于他的常备官军，且有比后者充沛得多的财政资源和后勤补给。

如果拿汉朝景帝时代的“吴楚七国叛乱”作比较的话，可以说建文帝的朝廷掌握着对叛军的压倒性优势。然而故事的结局却与一千五百多年前恰好相反。这一方面是因为建文帝不具备汉景帝那样的韬略智谋，另一方面也充分体现了身经百战的朱棣的杰出军事才能。但说到最根本的原因，恐怕这位可怜的皇帝只能去怪自己的祖父了。

杀戮功臣，是明太祖朱元璋最为后人诟病的事迹。受宰相胡惟庸和大将蓝玉两个大案的株连，共计有四万五千人伏诛。他的亲侄子朱之正、亲外甥李文忠，以及战功卓著的开国功臣徐达、冯胜、傅友德等无一幸免。身为开国之君的朱元璋大肆剪除功臣，原本是为了避免这些手握重权的老臣子威胁到子孙的统治，不料这一暴行很快就报应在他的孙子身上。因为屠戮过甚，整个朝廷竟找不到一个有能力领兵平叛的称职将领，只能眼睁睁地坐以待毙。

朱棣的北方军队长驱直入攻进南京城，从此明朝的历史翻开了属于永乐朝的一页。终永乐一朝，“建文事”都是一道无人敢触碰的禁忌。但这并不意味着那些不义和残暴会被时间冲刷干净。相反，随着时间的推移，那些违背世道人心的罪行日益成为加诸王朝身上的一道诅咒，时不时地对它的合法性发起难以应对的严峻挑战。

报应很快降临到朱棣的孙子——明宣宗朱瞻基的头上。历史有时总是惊人的相似。同自己的父亲朱元璋一样，朱棣也有两个性情气质截然不同的儿子：太子朱高炽和汉王朱高煦。朱高炽（即后来的仁宗）仁厚良善，满心渴望将儒家经典中描绘的“王道”理想付诸现实。而朱高煦则强悍暴烈、精力旺盛，活脱脱就是又一位燕王。

与谨慎的朱元璋不同，朱棣从不掩饰自己对长子的不喜欢和对汉王的欣赏，并不止一次流露出想要立朱高煦为太子的念头。但在全体朝臣近乎团结一致的反对下，最终只得无可奈何地立了燕王时代就已被朝廷册封为“世子”的朱高炽。这里面恐怕还有一个更重要的原因，那就是朱高炽生了一个被朱棣视为掌上明珠的“好圣孙”，也就是后来的宣德皇帝朱瞻基。

但即便如此，朱棣仍不能忘怀他的那位次子。史载，有一次他竟然抚着朱高煦的肩膀对他说：“勉之，世子多病。”这就为日后的干戈埋下了伏笔。

体弱多病的朱高炽只做了十个月皇帝就病逝了。按照史书的记载来分析，身体肥胖的他应该患有严重的心血管疾病。在针对建文旧臣的问题上，他的继任者、开明务实的明宣宗朱瞻基基本上延续了父亲的宽松政策。由于他们父子任人唯贤、止戈休兵、体恤爱民，明朝出现了一段短暂的黄金时代，史称“仁宣之治”。

宣德元年（1426年）九月初，在朱瞻基登基一年后，他那迫不及待的叔父（虽然朱高煦对他的兄长、太子朱高炽素来不敬，但后者即位后对其宽大为怀，再说这位洪熙皇帝在位仅十个月，因此汉王与朝廷还算相安无事）终于跳出来发难。他指责自己的侄子败坏永乐皇帝朱棣立下的“祖规”，大肆任用“奸臣”。这些指控几乎照抄了二十多年前朱棣对自己侄子朱允炆的指控。

但是朱高煦没有他父亲那样的好运，因为朱瞻基并不是朱允炆那样的书呆子，他从小就既继承了父亲的开明睿智，又具备了祖父的英武强悍。（这是他深得成祖喜爱的根源，据说朱棣提到这位孙子时每每对人说：“此他日太平天子也。”）年轻的朱瞻基还从他那深受爱戴的父亲那里继承了一套忠心耿耿且精明强干的大臣班底。在经过一番犹豫和争论之后，宣宗御驾亲征，仅花了不到半个月的时间就击败叛军，将那位妄想效仿明成祖的造反叔父从山东封地抓回北京，处以极刑。

第二次“靖难”就这样在举国上下的同仇敌忾中失败了——有了上一次“靖难之变”的惨痛教训，从朝廷大臣到士大夫精英阶层，都决意阻止这样的不义和混乱再度重演。

然而，朱明王朝依然难以挣脱过往的历史包袱。永乐皇帝朱棣认为在其父朱元璋搭建的权力框架之内，不可能再产生出强有力的辅政机构。他决定不完全拘泥于朱元璋的那一套，他要再搞出点儿新的花样来。