“大不敬”是封建制度下的“十恶”大罪之一。一旦罪名坐实，就要满门抄斩。从朱棣南京觐见的整个过程来看，他的“大不敬”是板上钉钉的事，满朝文武官员都可以站出来做目击证人。以这个理由除掉燕王可谓名正言顺。但建文帝并不这么想，他在读完曾凤韶的弹劾奏疏后，只是淡淡地说了一句：“燕王是我的亲叔叔，无须深究。”

既然建文帝不想借此机会除掉朱棣，那就只能再想别的办法。户部侍郎卓敬给皇帝朱允炆上了一道密奏，提醒建文帝不要放过这样一个千载难逢的机会。他提议将燕王从他长期盘踞的北平调离，将其迁徙到南昌一带。

密奏里的原话是这样的：“燕王智虑绝人，酷类先帝。夫北平者，强干之地，金元所由兴也，宜徙南昌以绝祸本。”就是说，燕王和先帝朱元璋很像，胸中韬略远胜于他人。将此人放在北平这样的龙兴之地，就等于为大明帝国埋下了一颗随时可能引爆的定时炸弹。

卓敬的密奏具有很强的针对性和可操作性，可以说是一个一石三鸟之计。既可以避免以“大不敬”罪名整治燕王所带来的负面影响，又可以避免建文帝背上迫害皇叔的恶名；最重要的一点就是可以消除燕王之患。就是这样一个一石三鸟之计，还是没有得到建文帝的支持。建文帝在看了密奏后，对卓敬说：“四叔燕王是朕的至亲，我不能这么做。”

卓敬还不死心，继续规劝道：“陛下与燕王虽是叔侄关系，但是叔侄关系怎比得上父子关系。隋文帝杨坚与杨广是父子关系。杨坚年老的时候，有人跟他说，您的皇太子杨广在调戏你的爱妾。杨坚就动了杀杨广的念头，但他还没有来得及动手，杨广已经获悉了这个信息，先下手为强，将亲生父亲杨坚给杀了。父子关系尚且靠不住，更何况你们之间的叔侄关系！”

建文帝听后沉默半天才冒出来一句话：“卿休矣。”可是等到朱棣平安回到北平后，建文帝这才意识到，曾经有一份天上掉馅儿饼的机会摆在面前，而自己不懂得珍惜。虽然他采取了一系列措施，诸如派官员到北平去监视燕王动态，想办法削弱燕王的兵力，等等。但是除掉燕王的最好时机已经错过了。

建文元年（1399年）五月的一天，正值朱元璋周年祭奠。按照皇家的规定，皇子皇孙都要前往南京参加祭祀大典。朱棣刚刚从建文帝眼皮子底下逃过一劫，他没有勇气再去冒一次险。而南京这时也不断有风声传来，说建文君臣正因放走他而后悔。

朱棣自己不愿再去南京，可先皇的周年祭总要有人代表自己前往。自己不愿到场，那么他的儿子们就必须参加，不然事情就闹大了。在这种情况下，他的长子朱高炽就带着两个弟弟前往南京参加朱元璋的祭祀大典。

儿子们前脚刚跨出北平，朱棣这边就对外称病。等到朱元璋祭祀大典结束，燕王的病情传得越发严重。朱高炽三兄弟到了南京后不久，朱棣的奏疏也送达建文帝的手上：“燕王病重，恳求建文帝能够恩准三个儿子回北平见其最后一面。”

朱棣的这一招用得极为巧妙，既可以弥补先前决策上的失误，又可以摸清建文君臣的计谋。如果建文帝扣押了他的儿子们，那么中央朝廷就会失去舆论的主动权；如果朝廷放人，那么朱棣也就达到了保全儿子的目的。

建文君臣面对这样一份乞子回藩的奏书，也是莫衷一是。有人主张将朱高炽三人扣下留作人质，以此来挟制朱棣。黄子澄认为，将朱高炽三兄弟扣留，反而会授予燕王把柄，如果对方以此为借口起兵，那么朝廷就会失去舆论上的主动权。不如先放三人回去，借以打消燕王的顾虑，然后再找机会收拾他。

黄子澄以遣归其子的方式来稳定朱棣，当然这也正中朱棣的下怀。朱棣父子相聚，大喜道：“吾父子复得相聚，天赞我矣！”

建文帝听从黄子澄的意见，放朱高炽三兄弟回北平。建文元年（1399年）六月，燕山护卫有个小军官百户倪琼向建文帝上奏，告发燕王朱棣属下的两个军官暗中为朱棣招兵买马，图谋不轨。建文帝立即下令将两人火速逮捕，并押送到京师南京来进行审讯。经过审讯，两个军官交代出燕王朱棣私下招兵买马意图不轨的罪状。

为了获得实情，建文帝去向左都督徐增寿求证。徐增寿是徐达的二儿子，即为朱棣的小舅子，又是朱棣最为信任之人。徐增寿听说有人供出朱棣密谋造反的事实后，仍在朱允炆面前巧舌如簧地说：“燕王与先帝（这里指朱标，朱允炆登基以后，将父亲朱标追尊为兴宗孝康皇帝）是亲兄弟，他贵为亲王，已经富贵至极，又是你的亲叔叔，怎么可能还会起来造反（燕王先帝同气，富贵已极，何故反）！”

朱允炆也拿不定主意，最后下诏将燕王朱棣严责一通，仅仅只是口头责备，并没有实质性的惩罚，就这样又一次白白地浪费了削藩的良机。

建文帝的诏令起到的唯一效果就是，让燕王朱棣再也无法拥有一个踏实安眠的夜晚。他为造反起兵而进行的准备都是在暗中进行的，因为他清楚地知道双方的实力对比。如果贸然起兵，只会自取灭亡。经过一番深思熟虑，朱棣决定在装病的基础上再装一次疯，以此来迷惑南京城里的朱允炆。

堂堂藩王为了保全自己，也顾及不上所谓的颜面了。朱棣不再是那个威风凛凛的燕王，他变得疯疯癫癫，有时倒地便睡，一睡就好几个小时，有时胡言乱语，大呼小叫，见到别人在吃东西，他就伸手去抢夺。有野史记载，处于癫狂状态的朱棣居然当着女人的面撒尿，毫无羞耻之心。这哪里还是个尊贵的王爷，分明就是一个落魄的乞丐。

建文元年六月的一天，北平布政使（相当于北京市市长）张昺和都指挥使（相当于北京军区司令）谢贵亲自来到燕王府，在燕王府中他们见到了疯疯癫癫的朱棣。当时北平正是炎热夏日，只见朱棣披头散发，身披破布袄，抱着火炉正在烤火，嘴里还不停地念叨：“真冷啊！真冷啊！”朱棣见到二人脸上毫无表情，像是从不认识他们。

张、谢二人将他们在燕王府所见到的情况奏报建文帝。燕王朱棣疯了这个消息像长了翅膀，不仅整个北平城的人都这么认为，最重要的是连朱允炆也信以为真。就在满城都在流传燕王疯了的消息时，有人却提出了质疑。这人认为燕王不是真的疯了，而是在装疯卖傻。提出质疑的人是燕王府的长史葛诚，此人是建文帝安插在燕王身边的一个“线人”。

葛诚将自己收集到的证据秘密呈报给了建文帝。没等朱允炆做出判断，装疯卖傻的朱棣就自己露出了马脚。

为了摸清建文帝和中央朝廷的态度，朱棣派遣护卫百户邓庸到南京奏事，以收集情报。真搞不清楚朱棣到底是出于怎样的考虑，才会走出这样一步臭棋。邓庸刚进南京城就被朱允炆抓了起来。抓他的理由很简单，夏天抱着火炉喊冷的朱棣还知道向皇帝奏事吗？很显然，燕王是在装疯卖傻。

一番刑讯逼供之后，邓庸就全招了。建文帝这才意识到燕王已经在步步紧逼，意欲不轨。自己不能再被当傻子蒙蔽了，朱允炆发出密令，令镇守北平的张昺、谢贵抓捕燕王府官属，同时密令北平都指挥佥事张信捉拿燕王朱棣本人。燕王朱棣并不是一个平庸的对手，他在北方边境与蒙古人交手了十几年，从战火硝烟中一路摸爬滚打过来。朱允炆严重低估了对手的实力，他以为单凭北平那几个平庸的朝廷大员就能摆平一切。