在这种情况下，蓝玉竟然毫无收敛，仍是率性而为。蓝玉在战场上是不可多得的将帅之才，出征西番，擒得逃寇，且捉住了建昌卫的叛帅。可是一旦离开战场，他的表现只能用一介莽夫来形容。在战争结束的归途中，他就干了一件颇为让人不齿的事。他用暴力霸占了元主的老婆，结果这位妃子羞愧自杀。蓝玉的行为违反了朱元璋的民族政策，也不得人心。他的这种做法让朱元璋十分愤怒，但考虑到蓝玉功劳很大，便没有深究，而蓝玉却以为这是默许他的作为，于是更加放肆起来。

在这之后，蓝玉的这类胡作非为越来越多。比如说他在回到喜峰关口时，由于已经是黑夜，守关的官员休息了，听到有人叫关就立刻跑去开门，而蓝玉却干出了谁也想不到的事情。他命令自己的士兵攻击关卡，打破城墙强行闯入，还颇为扬扬自得。

蓝玉还纵容家奴侵占民田，当御史对其家奴的不法行为进行质问时，他毫不顾忌后果，竟然堂而皇之地驱逐御史。

诸如此类不靠谱的事件让朱元璋极为恼火，他原来准备封蓝玉为梁国公，为了警告蓝玉，他把“梁”字改成了“凉”字，从这里就可以看出朱元璋对蓝玉态度的转变。

蓝玉征西归来，以为回朝后会得到封赏，没想到朱元璋根本就不理他。到册立皇太孙时，他满以为会让自己做太子太师，却没想到自己还是太子太傅，反倒让冯胜、傅有德两人做了太子太师。这让蓝玉十分愤怒，扯着袖子大喊道：“难道我还做不得太子太师吗？”他这一番闹腾弄得朱元璋更加不高兴了。

自此以后，蓝玉上朝奏事，没有一件能够获得批准。蓝玉不仅没有收敛，反而变得更加肆无忌惮。有一次，他见朱元璋的乘舆远远经过，便指着说：“那个乘舆的人已经怀疑我了！”锦衣卫听到了这句话，立刻报告蓝玉谋反，并说他与鹤庆侯张翼、普定侯陈垣、景川侯曹震、舳舻侯朱寿、东莞伯河荣、吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等人私底下相互勾连，准备起事，欲劫皇上车驾。

朱元璋正愁找不到借口，便将其拿下，亲自审问，再由刑部刑讯逼供，以假作真。据称蓝玉在受审时对他的叛逆罪供认不讳，同时在他的招供过程中，又把许多侯爵以及吏部尚书詹徽都牵扯进来。詹徽曾经主持审理过李善长的案子，现在又奉旨受理蓝玉一案。让人意想不到的是，蓝玉的供词把詹徽也拉了进来。

洪武二十五年（1393年）三月，蓝玉被公开肢解。蓝玉作为军队统帅部属众多，受株连的人数众多，而且最后的下场都是族诛。也就是一人犯罪，或受株连，就按家按族屠戮。在蓝玉一案中，许多开国功臣都跟着成了刀下冤魂。这就不免让人猜测，朱元璋之所以要实行这种大清洗，就是要除掉可能威胁皇位继承人的帝国权贵们。

事后，朱元璋为了辩明自己行为的正确性，他想出了各种办法。胡惟庸案结束以后，朱元璋搞了一个《昭示奸党录》布告天下；蓝玉案结束以后，朱元璋又搞了一个《逆臣录》，并且是朱元璋“手诏布告天下”，列名《逆臣录》的，有一公、十三侯、二伯。朱元璋这样做的目的，显然是想给蓝玉和胡惟庸两件清洗案做个了结，同时向帝国的权力集团和民间社会传递出一个信息：这两件大案是钦定的，谁也不准来翻这个案。

朱元璋掀起的这场“连环三击”前后持续了十多年，被卷进去受诛的文武功臣各色人等，有五万人之多。效果是达到了，可天意民心却难以交代过去。

其中有些人的确属于罪大恶极，自取灭亡。譬如永嘉侯朱亮祖仗着手中的威权，横行霸道，可谓恶贯满盈。但更多的人死得实在是冤枉，罪名安的也是不清不楚。朱元璋巧妙地借助朝臣之间的矛盾，将诬陷栽赃运用到了极致。他先后以谋逆、谋反、通倭等种种罪名把胡惟庸、蓝玉、李善长等几大权力集团全部收拾干净，只杀得刀锋卷口。

“蓝玉案”发生一年后，宋国公冯胜在缸上设板，用碌碡在上面打稻谷，声响远震数里。有仇家状告冯胜私藏兵器，朱元璋将其召入京城，赐以毒酒，冯胜毒发而死。颖国公傅有德，奏请土地，不仅不准，反被赐死。定远侯王弼躲在家里偷偷叹息：“皇上春秋日高，喜怒无常，我辈恐怕很难活下去了！”结果被检校监听并告密，也被朱元璋赐死。

经过这么上上下下的一番折腾，帝国的开国功臣已经所剩无几。依然有幸存活于世的，一个个都远离权力核心地带，自己笼起袖子晒太阳去了。徐达、常遇春、李文忠、汤和、邓愈、沐英六人没有因罪获刑，死皆封王，但徐、常、李、邓四人都是死在胡蓝大案之前，沐英镇守云南，天高皇帝远。只有汤和躲过了这一场接一场的血腥清洗，实在是不容易。要知道汤和同颖国公傅友德是儿女亲家。他洁身远引、解甲归田，绝口不谈政事，享年七十多岁，得以寿终正寝。

朱元璋的分权制衡体系就这样在血腥中建立起来，那些可能威胁到朱明王朝统治的功臣被一个个剔除，但事情还远没到结束的时候。虽然这时候相权被生生剥离出了权力系统，但由于朱元璋的血腥杀戮毫无节制，使得帝国权力结构中的辅政系统损毁严重，最后竟然到了形同虚设的地步。

这就形成了一种局面：在那个庞大的复式立体化的权力系统中，行政机构都变成了花瓶式的摆设，看上去很美，可中看不中用。官员们事无巨细都要跑到朱元璋面前去请示汇报一番，皇帝没有拍板的事，谁也定夺不了。这就像在一个几十口人的封建大家庭里，所有的事都让一家之长拿主意。如果一个人饿了喝碗牛肉汤、渴了泡壶龙井也要来个请示汇报，一次两次算是尊重长辈，天天如此，谁也受不了。一个家庭尚且有轻重缓急，运转一个偌大的帝国又岂是一个人能够忙得过来的。

朱元璋虽然是劳模皇帝，可劳模皇帝毕竟也是肉身凡胎而不是神灵精怪。他面对的是庞大的官僚机器，面对的是没完没了的复杂政务，这让他陷入了身心俱疲的境地。

十七世纪的英国政治思想家约翰·洛克认为，在君主专制政体下，对个人权利造成最大伤害的却往往是国家权力。他认为人们若把财产交给专制君主来保护，便无异于为了防止狐狸的骚扰而甘愿为狮子吞食。出现这种现象的原因就是君主政体下政府的权力过分集中，缺乏对权力的制约，为了防范政府超出人们对它的授权，更好地保护人们的权利，分权便是必要的了。

朱元璋进行的权力整顿运动可以说是官家制度的重大变革，这项以强化皇权为目的的变革是中国政治史上的一件大事。与皇权较劲了一千五百多年的相权就这样在朱元璋手里化为无形，这也开启了明、清两代五百多年的官家权力新格局。

虽然废除宰相制度让他的工作量翻了几番，他甚至感觉到了力不从心，但他从没有想过再度恢复宰相制度。前朝的前车之鉴摆在那里，朱元璋不能不警醒。每次皇权与相权博弈之后，当皇权取得主动，皇帝为了分流相权，往往会让自己的官家系统生出新的权力枝节，也就是新的辅政机构。这就形成了权力的恶性循环。在每一次循环过程中因为新的权力危机，不是宦官（太监）干政，就是皇亲国戚篡权。我们可以统计一下，历史上哪一次宦官专权不是由开国君主为了加强皇权而埋下祸端，自己美滋滋地得到了现实利益，报应却落在后辈中的无能者身上，不是被宦官专权，就是引发朝纲混乱，权力易主。朱元璋对废相后面临的权力困境还是认识不够，可他并不愿意在历史的铁律面前乖乖就范。他要走出一条权力的新路，一条可以打响其个人品牌的道路。

既然要推倒一切重新来过，那就索性闹他个天翻地覆。朱元璋以此为由头，对新帝国的官吏队伍进行了大规模的清洗。除了朱元璋本人，谁也未曾料到这样的一场清洗会以如此暴烈的方式。

朱元璋在杀伐决断上绝对称得上一名快刀手，只要他感到不快或者不安时，他会毫不犹豫地出手，而且出手的速度快如闪电。让人不解的是朱元璋在对待胡惟庸的问题上却是另外一番情形，纵容，再纵容。甚至在长达十多年的时间里，胡惟庸在洪武朝的权力结构中都是一人独揽大权，即一个人当丞相，时称“独相”。但是对其他人朱元璋却缺乏足够的耐心，要知道在胡惟庸前面垮台的那些人中，常遇春、徐达、刘伯温等人的地位与威望哪个不曾超越胡惟庸？可这根本挡不住朱元璋清洗的脚步。

为什么说朱元璋这个快刀手对胡惟庸表现出了足够的忍耐，甚至是纵容？让我们拿李善长与其比较一下。李善长是朱元璋的“大管家”，和朱元璋有老乡和亲家的双层关系。在古代中国那样一个讲究“地缘效应”的官僚体系中，朱元璋连他都不能够完全信任，又能信任谁？他曾经被朱元璋比喻为自己身边的萧何，是公认的大明王朝第一开国功臣，在军民中的声望可谓一时无两。然而就是这样一个人，朱元璋在给予他崇高的赞誉之后，偏偏不让他继续做丞相。

李善长在58岁时就被朱元璋强迫退休回家抱孙子了，77岁时又被拉进胡惟庸奸党案。朱元璋一口气杀掉他全家七十多口人，只赦免了他的儿子和儿媳，因为他们是驸马和公主。与李善长居于同等位置的还有刘伯温，刘伯温的才干、品性与威信也远在胡惟庸之上，他被朱元璋比作自己的张良。朱元璋同样也不让他做丞相。朱元璋是铁了心要让能折腾出动静的胡惟庸待在丞相这个位置上。

朱元璋需要胡惟庸这样一个权欲熏心、利令智昏的人物，需要他替自己清除障碍，比如消灭刘伯温。他还需要这个人闹出点儿大动静，为自己提供一个取消丞相制度的理由。这个理由是给官僚集团和天下百姓看的，只不过是掩耳盗铃罢了。这盘棋从一开始就完全落入了朱元璋的掌控之中。

废除丞相制度之后，朱元璋对帝国的权力结构进行了重大改组。也就是前面说到的，由六部和监察机关分食相权这块大蛋糕，皇帝总领全局。为了将这种制度延续下去，朱元璋在《皇明祖训》中留下一句极为酷烈的话：“后代有敢建议立宰相者，灭九族。”

这种权力系统的设置与前朝的官僚体系相比，最大的特点就是简单透明，透明是为了方便皇帝能够对庞大繁杂的权力结构一览无遗。所有的权力全部被皇帝攥在手中，即所谓“大权一归朝廷”。朱元璋这么做就是逼着自己的子孙们不要偷懒，对待自己的家族企业要做到亲力亲为。此项制度在各种因素的交互作用下，闪转腾挪，演变得面目全非，可以说大明官家制度表现出来的种种乱象，都与此有关。朱元璋的权力整顿运动，让人产生矫枉过正之感，为明王朝的后世之乱埋下了一枚重磅炸弹。

对于这时候的朱元璋来说，他所能体验到的只有两点：一是手中的权力足够大，二是皇帝的工作负担也的确够重。

根据《明太祖实录》的记载，洪武十七年（1384年）九月十四日到二十一日，八天之中，全国共有1160份各类文书报告送到朱元璋的案头，其中涉及各类事项3391件。平均计算，朱元璋每天需要批阅文件的字数约为二十万字（一本书的容量），处理事务423件。这样的工作量，即便朱元璋不眠不休，一个小时也要阅读8000字以上，并在二十多件国家事务上做出决断。

这种工作量连年轻人都会感到畏惧，更别说一个快接近六十岁退休年龄的老人了。就算皇帝个个龙筋虎体，就算他对自己的职业有着无限的热爱，处身于那样一个岗位上也是形同苦役。朱元璋试图找到一个两全其美的办法，既可以解决皇帝工作负担过重的问题，又能够使皇权不至于旁落。

在废除丞相制度之后，朱元璋先是设立了四辅官，称为春、夏、秋、冬四辅官。后来又设置了华盖殿、文华殿、武英殿、文渊阁和东阁等大学士，但这些人的工作能力与先前被杀的那几位丞相相比，是不可同日而语的。另外由朱元璋一手营造出来的恐怖专政的政治氛围，也让这些人战战兢兢无心恋位，他们怕的是一觉醒来就赴了黄泉。在朱元璋看来，在帝国的权力系统制造那些大案、要案并非常态，只是一时权宜之计，他宁愿由自己来当这个罪人，为子孙“拔刺”，他希望帝国的车轮能够纳入正常法治的轨道。

无可否认的是朱元璋推行的权力整顿，带来了吏治清明的大好局面，权力监督也较以往到位。但是如何设置皇帝辅政机构的问题，始终没有得到有效地解决。作为开国之君，朱元璋只有无奈地把这个难题留给了自己的后世子孙，而在这期间官家权力结构经历了一个非常漫长的嬗变过程。

洪武三十一年（1398年），朱元璋带着遗憾离开了这个世界，按照他生前的安排，他的皇长孙朱允炆即位，是为建文帝。